前幾天車突然發不動，和家人討論之後，覺得既然可以用跳電起動，應該是電池出了問題，而且這顆電池已經五歲，也該換了。沒有自己換過電池，本來打算把車送去修車廠，可是在爸爸的慫恿之下，決定動手換換看。
昨天一大早，開著學弟的車，到家附近一間 "Advance Auto Parts"，打算買顆新電池。出發前我先打開車前蓋，把舊電池的型號抄下來。根據我在網上查的結果，電池最重要的規格有兩個，一個是 "Group size"，也就是電池的大小，另一個是"Cold-cranking Amps (CCA)"，指的是在華氏零度時，能夠以多大的電量持續發動引擎 30 秒。第二項規格在台灣這樣的亞熱帶國家用不太到，可是在美東這種冬季地凍天寒的地方，就非常重要。我的車是 Honda Civic 06'，舊電池的 Group size 是 51R，CCA 是 310。這麼低的 CCA 到是有點出乎意料，因為在網路看到的最低也有450。不過這台車過去五年間，被雪埋了無數次，有時一埋就是兩三天，從來沒有發不動過，可見 CCA 310 在一般情況下應該是綽綽有餘。
我們家附近這間 Advance Auto Parts 店面非常寬敞，早上八點多已經有四、五個人在裡面買東西。我們很快找到電池區，本來打算趕快買一買回家換，可是一抬頭，一行大大的英文字寫著"Free battery test"，心想：還不確定是不是電池的問題，既然免費，不如拿來給他們測一測。問店員的結果，不一定要把電池拆下來，把車開過來停在外面的停車場，他們可以到外面幫你測，於是我們又開著學弟的車回家，用跳線把自己的車發動後，再開回 Advance Auto Parts。
檢測的結果和預期的一樣，電池無法蓄電，必須換新。店員說他們這間沒有提供免費換電池的服務，於是我們買了一顆新電池，就在停車場自己換了起來。新電池的規格是 Autocraft silver, Group size 51R, CCA 500，比舊電池好，要價 $88，已經是店內最便宜的電池了。買的時候被收了 $12 的回收費，店員說把舊電池拿來回收時就會把錢退給我們。
換電池比想像中的容易，雖然我們的工具很簡陃，還是在十分鐘左右就換好了。車子順利發動的瞬間，心裡高興的程度當真只有一個爽字可以形容。因為害怕這只是一時的迴光返照，把電池抱去回收時還遲遲不敢熄火，不過這二天用下來都沒再出問題，應該是完全修好了。
這是我這輩子第一次自己換車電池，過程相當順利。如果我很懂車，什麼都會自己換的話就好了，應該可以省下不少車子的保養費。小時候暑假不該窩在家裡打電動，應該要去修車廠打工的。
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Tuesday, November 30, 2010
Saturday, November 27, 2010
Dead battery?
今天去附近一間加油站做 state inspection。在美國，每年都要做一次車子的安檢，通過的話，會拿到一張上面標示月分的貼紙，貼在車子的擋風玻璃上。記得這種安檢台灣也有，可是不用錢，在美國的話要自己付錢。每州的安檢項目不同，所以要付的錢也不同，當初在麻州時是$11，現在維吉尼亞州的比較貴，要$16。
我把車開到加油站後，熄火下車，進去找老闆。老闆跟我說現在有一輛車正在做安檢，要我把車停到某個地方等待。我走回車上，準備把車發動後移走。結果鑰匙一轉，只聽見"達達達"的聲音，引擎卻一點動靜也沒有。我確認了一下排檔，沒錯啊，是打在 P 檔沒錯啊！怎麼會沒動靜？
再試了幾次，還是沒動靜，心裡就有點急了。此時老闆走了出來，可能是怕我沒聽懂吧，又跟我說了一次要把車移到旁邊的事，我告訴他我的車不知為何突然發動不了，他看了看也沒頭緒，只跟我說他們今天沒有技術員來上班，無法幫我修。幸運的是他們有跳線。用跳線把車發動後，我把車移去他說的地方，等待的時候都沒熄火，安檢人員來的時候，我跟他說之前沒電的事，我想他應該檢查過程中也沒敢熄火吧。
很快地，完成安檢的車又回到我的手上，一切都沒問題。上車後，我發現油快沒了，這家加油站又是這附近最便宜的，就想說，過這麼久電應該充了差不多了吧，加個油再走好了。沒想到，加完油要離開的時候車又發不動，只好很尷尬地又跑回去找老闆，請他再幫我跳一次電。他跟我說應該是電池出了問題，可能要換個新的，不過現在是感恩節假期，大多數車廠都沒有營業，只能等到星期一。
把車開回家，熄火後再試了試，果然還是發動不了。還好這兩個禮拜，學弟回台灣，把車留給我照顧，這幾天還能暫時用他的車代步。希望下星期一換個電池就好了，如果是其他問題的話就很麻煩，美國人工太貴，每項檢測都要錢，一直找不出原因，要付的錢就越來越多，之前實驗室的人也是車壞掉，找很久才找出原因，結果花了一千多才把車修好。我只能說，車這種東西，方便歸方便，養起來還真貴！
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我把車開到加油站後，熄火下車，進去找老闆。老闆跟我說現在有一輛車正在做安檢，要我把車停到某個地方等待。我走回車上，準備把車發動後移走。結果鑰匙一轉，只聽見"達達達"的聲音，引擎卻一點動靜也沒有。我確認了一下排檔，沒錯啊，是打在 P 檔沒錯啊！怎麼會沒動靜？
再試了幾次，還是沒動靜，心裡就有點急了。此時老闆走了出來，可能是怕我沒聽懂吧，又跟我說了一次要把車移到旁邊的事，我告訴他我的車不知為何突然發動不了，他看了看也沒頭緒，只跟我說他們今天沒有技術員來上班，無法幫我修。幸運的是他們有跳線。用跳線把車發動後，我把車移去他說的地方，等待的時候都沒熄火，安檢人員來的時候，我跟他說之前沒電的事，我想他應該檢查過程中也沒敢熄火吧。
很快地，完成安檢的車又回到我的手上，一切都沒問題。上車後，我發現油快沒了，這家加油站又是這附近最便宜的，就想說，過這麼久電應該充了差不多了吧，加個油再走好了。沒想到，加完油要離開的時候車又發不動，只好很尷尬地又跑回去找老闆，請他再幫我跳一次電。他跟我說應該是電池出了問題，可能要換個新的，不過現在是感恩節假期，大多數車廠都沒有營業，只能等到星期一。
把車開回家，熄火後再試了試，果然還是發動不了。還好這兩個禮拜，學弟回台灣，把車留給我照顧，這幾天還能暫時用他的車代步。希望下星期一換個電池就好了，如果是其他問題的話就很麻煩，美國人工太貴，每項檢測都要錢，一直找不出原因，要付的錢就越來越多，之前實驗室的人也是車壞掉，找很久才找出原因，結果花了一千多才把車修好。我只能說，車這種東西，方便歸方便，養起來還真貴！
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Thursday, November 25, 2010
Happy Thanksgiving
This morning I read an article on The New Times about the new Chrome OS that Google plans to introduce at the end of this year. The article talked about the confusion caused by the redundancy between the new Chrome OS and the already popular Android. Even the top executives in Google can't draw a clear line between these two systems.
This article in overall is not too interesting, but it's funny that at the end of the first page, the reporter quoted an marketing expert as saying “It’s incumbent upon Google to start telling a story that makes sense. It gets to the point of confusion that you have a lot of folks saying, ‘What’s Steve Jobs’s phone number again?’"
Steve Jobs is undoubtedly an visionary; just look at all the crazy gadgets he created in the past. Like an excellent chess player, he can see extraordinary out of the ordinary, and makes the right moves a few steps ahead everybody. I wish that I can know someone with such ability in person, I can't imagine how much fun it can be by just chatting with him/her over Thanksgiving dinner.
Happy Thanksgiving everybody!
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Sunday, November 7, 2010
Behind The Discovery of Double Helix
稍微對分子生物學有所了解的人，一定聽過 James Watson，Francis Crick 和他們的 double helix。對可憐的 Rosalind Franklin 和她那有名的 Photograph 51，及把 Photograph 51 拿給 Watson 看而變得裡外不是人的 Maurice Wilkins 大概也略知一二。這幾個人之間的恩怨情愁最近又被大家提起，因為有人從 Sydney Brenner (他和 Crick 曾共用一間辦公室) 捐贈給 Cold Spring Harbor 的文件中發現一些當時 Crick 和 Wilkins 寫給對方的信件，還把這些信的內容刊在 Nature 上，大家無聊的話可以去看看，還蠻八卦的，不過沒有揭出更多的新內幕就是了。
這則 Blog 不是要講這四人的故事，有興趣的人可以自行去 Google 一下這四個人的名字。我在看了那篇 Nature 的文章後，一時興起，把當初 Watson & Crick 在 1953 年發表的 “Molecular Structure Of Nucleic Acids (核酸的分子結構)” 翻出來溫息了一下，之後又無意中讀到 Watson 在諾貝爾頒獎典禮上的演講稿，有些科學上的瑣事想跟大家聊聊。
首先是那篇 1953 年的論文。這篇論文大概是分子生物學最重要的一篇文章，可是卻只有一頁文字加一張圖，還是張手繪圖。有讀過現在生物學論文的人都知道，大部分的文章都又臭又長，圖片也是又多又複雜，搞到大家想投稿論文還要先算算自己有幾張圖，不到六張還不敢投，硬要多做幾個小實驗來充數。這樣的迷思，不僅讓寫的人痛苦，也增加讀的人的負擔，實在沒必要。實驗結果能夠清楚證明你的觀點最重要，就算只有一張圖也無所謂，Watson & Crick 不也都拿到諾貝爾獎了嗎。
當然，諾貝爾獎也不是亂發的，DNA 的結構實在太重要了，因為 DNA 的結構中，隱藏著的對生物學上許多重要問題的暗示。 Watson & Crick 似乎比當時的其他人更早體認到這一點，或許也因為這樣，他們比其他人更極積，才能夠搶在大家之前把 DNA 的結構解開。他們在 1953 年那篇論文的最後寫到 “It has not escaped our notice that the specific pairing we have postulated immediately suggests a possible copying mechanism for the genetic material.” 每次唸到這段文字就覺得很有趣，從字裡行間彷彿能夠感受到孩童收到新玩具時的那種興奮，現在已經沒有人用這種方式寫學術論文了。我常在想，Watson & Crick 為何能夠這麼肯定解開 DNA 結構會是個突破性的進展，而這樣專心一意、又充滿熱情地去進行研究。是否因為他們真的比較聰明？
在我求學的過程中，三不五時都會聽到前輩們說，做研究最困難的就是問個重要、但又能夠解決的問題。如果能夠了解當初 Watson & Crick 選擇問題的邏輯，或許能讓我在尋找重要科學問題時有所依據。很幸運的，無意中讀到的 Watson 諾貝爾演獎稿，清楚地描途了當時他和 Crick 追尋 DNA 結構的心路歷程。
Watson 剛到 Cavendish Lab 時的研究題目是 “肌蛋白 (myoglobin ) 的構結”，但他很快就對 myoglobin 失去興趣。他在演講中是這麼說的： “ ... 即使沒有 Francis (Crick)，我應該也會很快地對 myoglobin 失去興趣，但有了 Francis 做為聊天的對象，我的命運就被決定了 (my fate was sealed)...” 這說明了有個在科學上志同道合而且聰明的朋友的重要性，但這真的是可遇而不可求。
Watson & Crick 剛初對於 DNA 結構的想法是這樣的：“我們很快就發現我們在科學上的想法是一致的。在生物學中心的是基因，它控制著細胞中的新成代謝，而當時生物學上最大的問題是，基因如何進行複製，以及它如何控制蛋白質的形成。很明顯的，這些問題唯有在我們知道基因的結構後，才能有邏輯地進行研究。因此我們必須解開 DNA 結構 (The center of biology was the gene and its control of cellular metabolism. The main challenge in biology was to understand gene replication and the way in which genes control protein synthesis. It was obvious that these problems could be logically attacked only when the structure of the gene became known. This meant solving the structure of DNA)”。
這樣的想法乍看之下很直接，可是重點在這一句：”It was obvious that these problems could be logically attacked only when the structure of the gene became know.” 這…真的有很明顯嗎？他們怎能如此肯定，看了 DNA 的結構後，能夠讓他們找到研究基因複製和蛋白合成的方法？至少我無法有這樣的信心，在我看來，解 DNA 結構只是方法之一，不見得是唯一的方法。所以當我讀到這裡時，心想，慘了，沒機會了，此生對了解重要的生物學問題無望矣。不過當我繼續往下讀後，發現其實在 Watson & Crick 的內心深處也有著跟我相同的隱憂。Watson 說：”當我們悲觀的時候，我們常常擔心，DNA 的真正結構或許很無趣，根本不能告訴我們任何我們想知道的答案，就像那無聊的膠原蛋白結構一樣 (In pessimistic moods, we often worried that the correct structure might be dull. That is, it would suggest absolutely nothing and excite us no more than something inert like collage)”。顯然，在我們所認為的天才的心中，也不是對他們所選擇的道路有著絕對的信心。重點或許是，我們應該要仔細選擇，並且清楚了解自己選擇的理由，然後樂觀地做下去，最後就讓命運去決定一切了。
Watson & Crick 當時確實選擇了一個重要的大方向 (基因如何複製、如何控制蛋白質的形成)，但他們並不能確定自己深思熟慮後所選的小問題 (解開 DNA 結構) 是不是真的是個好問題，不過至少他們選了一個他們認為可以被解決的問題。這或許是他們真正過人之處。Watson 是這麼說的：”(解 DNA 結構)這件事, 當然雖然有些遺傳學家們有興趣，但他們似乎覺得太過困難。然而，在我們寒冷、黑暗的 Cavendish lab 中，我們卻認為這是可以被達成的，而且可能只要花幾個月的時間 (Then this objective seemed out of reach to the interested geneticists. But in our cold, dark Cavendish lab, we thought the job could be done, quite possibly within a few months)”。他們之所以如此樂觀，是因為二個理由：1. 偉大的 Linus Pauling，不久前用他發展出來的化學鍵理論解開了蛋白質 α-helix 的結構。2. 聽說 Rosalind Franklin 和 Maurice Wilkins 有 DNA 的 X-ray 照片，表示 DNA 應該是個穩定的化學結構。套句 Watson 的話，DNA 的結構在他們看來是 “an answer for somebody to get”。
到這裡，事情已經明朗了。還是那句老話，科學的突破來自於不同領域之間的交集，而唯有思想開放、不畫地自限者才能找到交集之處。在 Watson & Crick 的時代有許多優秀的遺傳學家，但可能都被自己領域中行之有年的研究方法給限制住了，不像當時年輕沒有包袱的 Watson & Crick，能夠很快地接受別領域的知識，並利用那些知識來解決遺傳學上的問題。
不知不覺好像寫得太多了。但希望有看完的人能夠跟我一樣，從 Watson & Crick 的故事中，學習到或重新印證了一些做科學的方法。也祝大家都能夠早日找到屬於自己的，重要而且能夠解決的科學問題。
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這則 Blog 不是要講這四人的故事，有興趣的人可以自行去 Google 一下這四個人的名字。我在看了那篇 Nature 的文章後，一時興起，把當初 Watson & Crick 在 1953 年發表的 “Molecular Structure Of Nucleic Acids (核酸的分子結構)” 翻出來溫息了一下，之後又無意中讀到 Watson 在諾貝爾頒獎典禮上的演講稿，有些科學上的瑣事想跟大家聊聊。
首先是那篇 1953 年的論文。這篇論文大概是分子生物學最重要的一篇文章，可是卻只有一頁文字加一張圖，還是張手繪圖。有讀過現在生物學論文的人都知道，大部分的文章都又臭又長，圖片也是又多又複雜，搞到大家想投稿論文還要先算算自己有幾張圖，不到六張還不敢投，硬要多做幾個小實驗來充數。這樣的迷思，不僅讓寫的人痛苦，也增加讀的人的負擔，實在沒必要。實驗結果能夠清楚證明你的觀點最重要，就算只有一張圖也無所謂，Watson & Crick 不也都拿到諾貝爾獎了嗎。
當然，諾貝爾獎也不是亂發的，DNA 的結構實在太重要了，因為 DNA 的結構中，隱藏著的對生物學上許多重要問題的暗示。 Watson & Crick 似乎比當時的其他人更早體認到這一點，或許也因為這樣，他們比其他人更極積，才能夠搶在大家之前把 DNA 的結構解開。他們在 1953 年那篇論文的最後寫到 “It has not escaped our notice that the specific pairing we have postulated immediately suggests a possible copying mechanism for the genetic material.” 每次唸到這段文字就覺得很有趣，從字裡行間彷彿能夠感受到孩童收到新玩具時的那種興奮，現在已經沒有人用這種方式寫學術論文了。我常在想，Watson & Crick 為何能夠這麼肯定解開 DNA 結構會是個突破性的進展，而這樣專心一意、又充滿熱情地去進行研究。是否因為他們真的比較聰明？
在我求學的過程中，三不五時都會聽到前輩們說，做研究最困難的就是問個重要、但又能夠解決的問題。如果能夠了解當初 Watson & Crick 選擇問題的邏輯，或許能讓我在尋找重要科學問題時有所依據。很幸運的，無意中讀到的 Watson 諾貝爾演獎稿，清楚地描途了當時他和 Crick 追尋 DNA 結構的心路歷程。
Watson 剛到 Cavendish Lab 時的研究題目是 “肌蛋白 (myoglobin ) 的構結”，但他很快就對 myoglobin 失去興趣。他在演講中是這麼說的： “ ... 即使沒有 Francis (Crick)，我應該也會很快地對 myoglobin 失去興趣，但有了 Francis 做為聊天的對象，我的命運就被決定了 (my fate was sealed)...” 這說明了有個在科學上志同道合而且聰明的朋友的重要性，但這真的是可遇而不可求。
Watson & Crick 剛初對於 DNA 結構的想法是這樣的：“我們很快就發現我們在科學上的想法是一致的。在生物學中心的是基因，它控制著細胞中的新成代謝，而當時生物學上最大的問題是，基因如何進行複製，以及它如何控制蛋白質的形成。很明顯的，這些問題唯有在我們知道基因的結構後，才能有邏輯地進行研究。因此我們必須解開 DNA 結構 (The center of biology was the gene and its control of cellular metabolism. The main challenge in biology was to understand gene replication and the way in which genes control protein synthesis. It was obvious that these problems could be logically attacked only when the structure of the gene became known. This meant solving the structure of DNA)”。
這樣的想法乍看之下很直接，可是重點在這一句：”It was obvious that these problems could be logically attacked only when the structure of the gene became know.” 這…真的有很明顯嗎？他們怎能如此肯定，看了 DNA 的結構後，能夠讓他們找到研究基因複製和蛋白合成的方法？至少我無法有這樣的信心，在我看來，解 DNA 結構只是方法之一，不見得是唯一的方法。所以當我讀到這裡時，心想，慘了，沒機會了，此生對了解重要的生物學問題無望矣。不過當我繼續往下讀後，發現其實在 Watson & Crick 的內心深處也有著跟我相同的隱憂。Watson 說：”當我們悲觀的時候，我們常常擔心，DNA 的真正結構或許很無趣，根本不能告訴我們任何我們想知道的答案，就像那無聊的膠原蛋白結構一樣 (In pessimistic moods, we often worried that the correct structure might be dull. That is, it would suggest absolutely nothing and excite us no more than something inert like collage)”。顯然，在我們所認為的天才的心中，也不是對他們所選擇的道路有著絕對的信心。重點或許是，我們應該要仔細選擇，並且清楚了解自己選擇的理由，然後樂觀地做下去，最後就讓命運去決定一切了。
Watson & Crick 當時確實選擇了一個重要的大方向 (基因如何複製、如何控制蛋白質的形成)，但他們並不能確定自己深思熟慮後所選的小問題 (解開 DNA 結構) 是不是真的是個好問題，不過至少他們選了一個他們認為可以被解決的問題。這或許是他們真正過人之處。Watson 是這麼說的：”(解 DNA 結構)這件事, 當然雖然有些遺傳學家們有興趣，但他們似乎覺得太過困難。然而，在我們寒冷、黑暗的 Cavendish lab 中，我們卻認為這是可以被達成的，而且可能只要花幾個月的時間 (Then this objective seemed out of reach to the interested geneticists. But in our cold, dark Cavendish lab, we thought the job could be done, quite possibly within a few months)”。他們之所以如此樂觀，是因為二個理由：1. 偉大的 Linus Pauling，不久前用他發展出來的化學鍵理論解開了蛋白質 α-helix 的結構。2. 聽說 Rosalind Franklin 和 Maurice Wilkins 有 DNA 的 X-ray 照片，表示 DNA 應該是個穩定的化學結構。套句 Watson 的話，DNA 的結構在他們看來是 “an answer for somebody to get”。
到這裡，事情已經明朗了。還是那句老話，科學的突破來自於不同領域之間的交集，而唯有思想開放、不畫地自限者才能找到交集之處。在 Watson & Crick 的時代有許多優秀的遺傳學家，但可能都被自己領域中行之有年的研究方法給限制住了，不像當時年輕沒有包袱的 Watson & Crick，能夠很快地接受別領域的知識，並利用那些知識來解決遺傳學上的問題。
不知不覺好像寫得太多了。但希望有看完的人能夠跟我一樣，從 Watson & Crick 的故事中，學習到或重新印證了一些做科學的方法。也祝大家都能夠早日找到屬於自己的，重要而且能夠解決的科學問題。
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Thursday, November 4, 2010
Incoming Conference
11月中，我要在 Farm 裡一個小型研討會上給個15分鐘的演講，會議的主題是「神經系統的發育與演化」。這是個很特別的研討會，三個會議發起人都大有來頭：第一位是分子生物學的創立者之一，解開遺傳密碼的諾貝爾獎得主, 和線蟲 (C. elegans) 之父的 Sydney Brenner；再來是當今分子生物演化學第一把交椅的 Sean Carroll；最後是在果蠅學界極富盛名，來自 UCLA 的 Larry Zipursky。而且這場為期三天的研討會是不接受報名的，所有的講者都是受邀而來，神經發育演化學界的頂尖學者。那我這個小咖是怎麼混進去的呢？其實是因為我們老闆是 Farm 裡的主要研究員之一，他希望實驗室有個人可以去宣傳一下 “how advance our research is”，就推薦我去參加，可能是賣我老闆面子，主辦單位竟然也答應了。對我來說，面對這樣等級的聽眾當然會有點緊張，但卻也是個難得的機會，一方面可以宣傳自己的研究，提昇能見度，一方面可以親眼目睹大師級學者的風采，了解他們對這個科學領域的願景。後者對現階的我而言特別重要，我的博士生涯已經走到後段，該是仔細思考未來研究方向的時候，多了解各個領域現階段面臨的難題和未來可能的發展，才能比較有邏輯地選擇未來的走向。
離研討會只剩下二個禮拜，必須趕緊多唸一些相關的書和論文，才不會到時言語無味，等會議結束後，我再來寫篇心得報告和大家分享。
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離研討會只剩下二個禮拜，必須趕緊多唸一些相關的書和論文，才不會到時言語無味，等會議結束後，我再來寫篇心得報告和大家分享。
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